Aus diesem Grund telefonierte Himmler am 30. November 1941 mit Reinhard Heydrich, der als Chef des SD auch Jeckelns Chef war. Laut Himmlers Telefonbuch lautete sein Befehl an Heydrich, dass die Juden auf dem Transport aus Berlin nicht "liquidiert" werden sollten (Judentransport aus Berlin. Keine Liquidierung). Himmler machte diesen Anruf jedoch erst um 1:30 Uhr nachmittags an diesem Sonntag, und zu diesem Zeitpunkt waren die Leute im Zug tot. Was passiert war, war, dass es bei ihrer Ankunft in Riga keine Unterkunft für die deportierten deutschen Juden gab, so dass die Nazis sie im Zug zurückließen. Am nächsten Morgen fuhren die Nazis mit der Zugladung Leute zum Bahnhof Rumbula. Sie nahmen die Leute aus dem Zug, marschierten sie die kurze Strecke entlang und erschossen sie alle zwischen 8:15 und 9:00 Uhr.

Danach, am 1. Dezember und in einer persönlichen Besprechung am 4. Dezember 1941, gab Himmler Jeckeln strenge Anweisungen, dass keine Massenmorde an deportierten deutschen Juden ohne seinen ausdrücklichen Befehl stattfinden sollten: "Die in das Territorium des Ostlandes deportierten Juden sind nur nach den von mir und dem in meinem Namen handelnden Reichssicherheitshauptamt gegebenen Richtlinien zu behandeln."